Au cours des dernières années, nous avons contribué à plusieurs études qui ont permis d’établir le profil moléculaire de plusieurs types de tumeurs solides, dont le cancer colorectal (CCR) et le cancer du pancréas. La définition de classifications moléculaires a permis de mettre en lumière la diversité des tumeurs du cancer colorectal ou du cancer du pancréas. En ce qui concerne le cancer du poumon, nous étudions l’hétérogénéité des tumeurs à travers le prisme des résultats cliniques. Ces études transcriptomiques sont basées sur des données de masse, qui sont le résultat de l’étude du dialogue entre les cellules tumorales, les cellules stromales et les cellules immunitaires.
Ces études ont ouvert de nouvelles questions que nous étudions actuellement :
- Quels sont les mécanismes moléculaires qui orchestrent l’émergence et/ou le maintien des différents sous-types d’un cancer donné ?
- Quel est le degré d’hétérogénéité entre les différentes zones de la tumeur ou entre le site primaire et les différents sites métastatiques ?
- Comment cette signature évolue-t-elle sous traitement ?
- Comment substituer à cette signature tissulaire des marqueurs circulants de substitution facilitant le transfert vers la clinique ?
- Et enfin, en décryptant les différentes voies qui régissent chaque sous-type, comment pouvons-nous améliorer le traitement du CCR ?
Nous abordons ces questions en exploitant plusieurs cohortes de patients auxquelles nous avons accès grâce à nos liens étroits avec divers hôpitaux (HEGP, La Pitié-Salpétrière et autres) ou à notre implication dans différents groupes coopératifs de lutte contre le cancer au niveau national et international (EORTC, FFCD, GERCOR, IFCT) et aussi par notre importante implication dans le SIRIC CARPEM (www.carpem.fr). Comme approche complémentaire, nous développons des tests cellulaires pour mieux comprendre les processus moléculaires et biologiques du développement tumoral.
Outre ces études à grande échelle, nous développons des projets axés sur des inducteurs (“drivers”) ou des antagonistes potentiels spécifiques de sous-groupes agressifs de cancer, tels que les microARN de la famille miR-200 dans le cancer du poumon associé à la transition épithéliale-mésenchymateuse ou la protéine prion cellulaire PrPC dans le sous-groupe mésenchymateux du cancer colorectal.
Notre principal projet actuel, qui intègre toutes les questions susmentionnées, vise à élucider l’hétérogénéité du cancer colorectal au niveau de la cellule unique ainsi que la plasticité d’états cellulaires spécifiques.
1. Identifier des signatures pronostiques dans le cancer du côlon
Nous avons généré le profil transcriptomique de n=1733 patients de la cohorte PETACC8 (stades 3) et identifié 4 signatures, dont la combinaison prédit la réchute des patients.
2. Décrypter l’hétérogénéité tumorale du cancer du côlon par des approches spatiales
Nous développons des approches de transcriptomique spatiale pour définir les architectures types (archétypes) des tumeurs du côlon, en lien avec les caractéristiques cliniques.
3. Caractériser les « hallmarks » des cancers de côlon de mauvais pronostic (CMS4)
Nous combinons des approches de biologie cellulaire et des analyses bioinformatiques pour identifier les acteurs, les cascades de signalisation et les circuits métaboliques qui orchestrent le phénotype CMS4 du cancer de côlon, associé à un mauvais pronostic.
4. Identifier des signatures d’intérêt clinique dans le cancer du poumon
Nous avons identifié une signature moléculaire basée sur l’expression d’un microARN qui est associée à la rechute chez les patients atteints de cancer bronchique non à petites cellules, en particulier dans les stades précoces.
5. Découvrir et valider de nouveaux biomarqueurs circulants pour le suivi de patients atteints de cancer
Nous avons identifié et validé plusieurs combinaisons de gènes spécifiquement méthylés dans différents cancers (principalement digestifs et gynécologiques) dont la détection dans le plasma constitue une approche non-invasive pour le suivi des patients.
Publications :
Wnt, Glucocorticoid and Cellular Prion Protein Cooperate to Drive a Mesenchymal Phenotype with Poor Prognosis in Colon Cancer. S. Mouillet-Richard, A. Gougelet, B. Passet, C. Brochard, D. Le Corre, C. L. Pitasi, C. Joubel, M. Sroussi, C. Gallois, J. Lavergne, J. Castille, M. Vilotte, N. Daniel-Carlier, C. Pilati, A. de Reyniès, F. Djouadi, S. Colnot, T. André, J. Taieb, J.-L. Vilotte, B. Romagnolo, P. Laurent-Puig. Journal of Translational Medicine, 2024, Vol. 22 pp. 337 Link.
PrPC Controls Epithelial-to-Mesenchymal Transition in EGFR-Mutated NSCLC: Implications for TKI Resistance and Patient Follow-Up. C. Lailler, A. Didelot, S. Garinet, H. Berthou, M. Sroussi, A. de Reyniès, S. Dedhar, S. Martin-Lannerée, E. Fabre, F. Le Pimpec-Barthes, A. Perrier, V. Poindessous, A. Mansuet-Lupo, F. Djouadi, J.-M. Launay, P. Laurent-Puig, H. Blons, S. Mouillet-Richard. Oncogene, 2024 Link.
Successive Next-Generation Sequencing Strategy for Optimal Fusion Gene Detection in Non-Small-Cell Lung Cancer in Clinical Practice. S. Garinet, A. Lupo, T. Denize, R. Loyaux, S. Timsit, B. Gazeau, E. Fabre, Z. Maaradji, L. Gibault, E. Giroux-Leprieur, B. Duchemann, I. Monnet, S. Jouveshomme, M. Aldea, B. Besse, F. L. Pimpec-Barthes, K. Leroy, M. Wislez, H. Blons. Pathology, 2024, Vol. 56 pp. 702–709 Link.
Clinical Value of Sequential Circulating Tumor DNA Analysis Using Next-Generation Sequencing and Epigenetic Modifications for Guiding Thermal Ablation for Colorectal Cancer Metastases: A Prospective Study. T. Boeken, O. Pellerin, C. Bourreau, J. Palle, C. Gallois, A. Zaanan, J. Taieb, W. Lahlou, A. Di Gaeta, M. Al Ahmar, X. Guerra, C. Dean, P. Laurent Puig, M. Sapoval, H. Pereira, H. Blons. La radiologia medica, 2024 Link.
A Novel Chr1-miR-200 Driven Whole Transcriptome Signature Shapes Tumor Immune Microenvironment and Predicts Relapse in Early-Stage Lung Adenocarcinoma. S. Garinet, A. Didelot, L. Marisa, G. Beinse, M. Sroussi, F. Le Pimpec-Barthes, E. Fabre, L. Gibault, P. Laurent-Puig, S. Mouillet-Richard, A. Legras, H. Blons. Journal of Translational Medicine, 2023, Vol. 21 pp. 324 Link.
Transcriptomic Signatures of MSI-High Metastatic Colorectal Cancer Predict Efficacy of Immune Checkpoint Inhibitors. C. Gallois, M. Landi, J. Taieb, M. Sroussi, B. Saberzadeh-Ardestani, A. Cazelles, S. Lonardi, F. Bergamo, R. Intini, G. Maddalena, F. Pietrantonio, F. Corti, M. Ambrosini, A. Martinetti, M. M. Germani, C. Boccaccio, G. Vetere, S. Mouillet-Richard, A. de Reynies, F. A. Sinicrope, C. Cremolini, P. Laurent-Puig. Clinical Cancer Research: An Official Journal of the American Association for Cancer Research, 2023, Vol. 29 pp. 3771–3778 Link.
Maintenance Therapy With Cetuximab After FOLFIRI Plus Cetuximab for RAS Wild-Type Metastatic Colorectal Cancer: A Phase 2 Randomized Clinical Trial. V. Boige, H. Blons, E. François, M. Ben Abdelghani, J.-M. Phelip, V. Le Brun-Ly, L. Mineur, M. P. Galais, A.-L. Villing, V. Hautefeuille, L. Miglianico, C. De La Fouchardière, D. Genet, N. Levasseur, C.-B. Levaché, N. Penel, E. Mitry, S. Jacquot, T. Aparicio, E. Brument, S. Gourgou, F. Castan, O. Bouché. JAMA network open, 2023, Vol. 6 pp. e2333533 Link.
Circulating Tumour DNA at Baseline for Individualised Prognostication in Patients with Chemotherapy-Naïve Metastatic Colorectal Cancer. An AGEO Prospective Study. J.-B. Bachet, P. Laurent-Puig, A. Meurisse, O. Bouché, L. Mas, V. Taly, R. Cohen, J.-M. Gornet, P. Artru, S. Louafi, A. Thirot-Bidault, I. Baumgaertner, R. Coriat, D. Tougeron, T. Lecomte, F. Mary, T. Aparicio, L. Marthey, H. Blons, D. Vernerey, J. Taieb. European Journal of Cancer (Oxford, England: 1990), 2023, Vol. 189 pp. 112934 Link.
A Proof of Concept for Targeting the PrPC – Amyloid β Peptide Interaction in Basal Prostate Cancer and Mesenchymal Colon Cancer. S. Mouillet-Richard, S. Martin-Lannerée, D. Le Corre, T. Z. Hirsch, A. Ghazi, M. Sroussi, C. Pilati, A. de Reyniès, F. Djouadi, N. Vodovar, J.-M. Launay, P. Laurent-Puig. Oncogene, 2022, Vol. 41 pp. 4397–4404 Link.
Prognostic Relevance of Pancreatic Adenocarcinoma Whole-Tumor Transcriptomic Subtypes and Components. S. Zhao, R. Nicolle, J. Augustin, M. Svrcek, L. de Mestier, D. Le Corre, D. Pietrasz, O. Caliez, J. Cros, P. Laurent-Puig, J.-B. Bachet. Clinical Cancer Research: An Official Journal of the American Association for Cancer Research, 2021, Vol. 27 pp. 6491–6499 Link.
Prognostic Value and Relation with Adjuvant Treatment Duration of ctDNA in Stage III Colon Cancer: A Post Hoc Analysis of the PRODIGE-GERCOR IDEA-France Trial. J. Taieb, V. Taly, J. Henriques, C. Bourreau, L. Mineur, J. Bennouna, J. Desrame, C. Louvet, C. Lepere, M. Mabro, J. Egreteau, O. Bouche, C. Mulot, K. Hormigos, K. Chaba, T. Mazard, A. de Gramont, D. Vernerey, T. André, P. Laurent-Puig. Clinical Cancer Research: An Official Journal of the American Association for Cancer Research, 2021, Vol. 27 pp. 5638–5646 Link.
Intratumor CMS Heterogeneity Impacts Patient Prognosis in Localized Colon Cancer. L. Marisa, Y. Blum, J. Taieb, M. Ayadi, C. Pilati, K. Le Malicot, C. Lepage, R. Salazar, D. Aust, A. Duval, H. Blons, V. Taly, D. Gentien, A. Rapinat, J. Selves, S. Mouillet-Richard, V. Boige, J.-F. Emile, A. de Reyniès, P. Laurent-Puig. Clinical Cancer Research: An Official Journal of the American Association for Cancer Research, 2021, Vol. 27 pp. 4768–4780 Link.